رهبر انقلاب، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی درگذشت آیت‌الله محقق کابلی را تسلیت گفتند. در متن پیام ایشان آمده است:
«بسمه‌تعالی. درگذشت عالم مجاهد آیت‌الله آقای حاج‌‌شیخ قربانعلی محقق کابلی رحمت‌الله‌علیه را به عموم برادران افغانی به‌ویژه به خاندان محترم و مقلدان و ارادتمندان و شاگردان ایشان تسلیت می‌گویم و علوّ درجات آن مرحوم و رحمت و مغفرت الهی را برای ایشان مسألت می‌نمایم.»