مقام معظم رهبری درگذشت عالم جلیل، حجت‌الاسلام‌والمسلمین اشرفی را تسلیت گفتند. در متن پیام ایشان آمده است: «درگذشت عالم جلیل، جناب مستطاب حجت‌الاسلام‌والمسلمین آقای حاج شیخ مرتضی اشرفی شاهرودی رحمة‌الله‌علیه را به خاندان مکرم و بازماندگان معزّز بویژه اخوی معظم ایشان و نیز به ارادتمندان و شاگردان آن مرحوم و به همه‌ی مردم مؤمن و انقلابی شاهرود تسلیت عرض می‌کنم و رحمت و مغفرت الهی و علوّ درجات ایشان را مسألت می‌نمایم.»