بر اثر سنگینی برف‌های جمع‌شده روی سقف برزنتی حیاط مسجد ارک، سقف برزنتی روی بخاری بزرگ گازی افتاد و آتش گرفت و به‌ویژه در قسمت زنانه مسجد ارک سقف پارچه‌ای حیاط مسجد مشتعل شده و بر سر نمازگزاران و عزاداران حسینی فروریخت. این حادثه بیست‌وششم بهمن‌ماه سال ۸۳ مصادف با پنجم محرم، از تلخ‌ترین حوادث آتش‌سوزی در پایتخت بود که در مسجد ارگ تهران اتفاق افتاد. با اعلام این خبر بلافاصله ماموران آتش‌نشانی خودشان را به محل رساندند و شروع به خاموش‌کردن حریق کردند. از آن‌جا که این مسجد در دهه اول محرم محل اجرای برنامه عزاداری با جمعیت زیادی است، همچنین به خاطر تقارن برگزاری نماز جماعت با زمان حریق، این حادثه قربانیان زیادی داشت. با انتقال سریع مجروحان به سه بیمارستان نزدیک به محل و تلاش پزشکان، متاسفانه تعدادی از مجروحان به دلیل شدت سوختگی، جراحات و صدمات وارده جان خود را از دست دادند. آتش‌سوزی مسجد ارگ تهران که منجر به جان باختن ۷۸نفر شد، پس از ۱۳سال بار دیگر در دادگاه بعثت تهران بررسی می‌شود.