چهارمین دوره انتخابات ریاست جمهوری، 25 مرداد 1364 درحالی برگزار شد که شرایط کشور از چند بعد بسیار ویژه بود، اختلافات پس از استعفای وزرای مخالف نخست‌وزیر علنی‌تر شده بود، پس از این زمینه‌ها مبنی بر این‌که قرار نیست میرحسین به‌عنوان نخست‌وزیر معرفی  شود، در بین سیاسیون مطرح شد،  135 نفر از نمایندگان مجلس نامه‌ای به امام(ره) نوشتند؛ امام خمینی(ره) هم در 5مهرماه 1364 در پاسخ به این نامه فرمودند: «با تشکر از حضرات آقایان، اینجانب چون خود را موظف به اظهارنظر می‌دانم، به آقایانی که نظر خواسته‌اند، از آن جمله جناب حجت‌الاسلام آقای مهدوی و بعضی آقایان دیگر، عرض کردم آقای مهندس موسوی را شخص متدین و متعهد و در وضع بسیار پیچیده کشور، دولت ایشان را موفق می‌دانم و درحال حاضر، تغییر آن را به صلاح نمی‌دانم، ولی حق انتخاب با جناب آقای رئیس‌جمهوری و مجلس شورای اسلامی محترم است.» سرانجام اولین دستورمان رأی‌گیری برگزار شد. 261 نفر از مجموع 267 نفر نماینده آمده بودند. 162موافق، 73 مخالف و 26 نفر ممتنع بودند. 99 رأی مخالف و ممتنع که بعدها در ادبیات سیاسی ایران با عنوان 99 معرفی شدند. احمد آذری‌قمی، احمد توکلی و مرتضی نبوی ازجمله این افراد هستند.