شهروند|  تعطیلی سه ساله‌ دانشگاه‌ها ‌سال 1362 تمام شد تا بالاخره دانشگاه‌ها بعد از انقلاب 57 رنگ دانشجو به خود ببینند. این تعطیلی در پی مجموع رویداد‌های اوایل ‌سال 1359 روی‌ داد و تا سه ‌سال ادامه داشت؛ رویدادهایی که به انقلاب فرهنگی شهره شدند و هدفشان هم اسلامی‌سازی دانشگاه‌ها بود. امام‌خمینی(ره) در فروردین ‌سال 59 بر تصفیه‌ دانشگاه تأکید کرده و گفتند: «باید انقلاب اسلامی در تمام دانشگاه‌های سراسر ایران به وجود‌ آید تا اساتیدی که در ارتباط با شرق و یا غرب‌اند، تصفیه گردند و دانشگاه محیط سالمی شود برای تدریس علوم اسلامی.» به دنبال این پیام نوروزی بود که فاز اجرایی انقلاب فرهنگی آغاز شد. چند روز بعد بود که رئیس شهربانی وقت در بخشنامه‌ای از مسئولان دانشگاه‌ها خواست که از صدور مجوز برگزاری مراسم برای احزاب سیاسی در دانشگاه‌ها خودداری کنند.
مقصود فراستخواه در مطلبی درباره آن سال‌ها می‌نویسد: «در ماه‌های آخر ‌سال 58، سازمان سنجش،  اعلانی برای ثبت‌نام کنکور منتشر نکرد. همچنین در اسفند 58، طی  هماهنگی میان گروه دانشجویی طرفدار اسلامی‌شدن دانشگاه در دانشگاه ملی [شهید بهشتی] و ریاست وقت آن دانشگاه، گفتارها و فعالیت‌های ایجاد دانشکده‎ای اسلامی به میان آمد. با این پیشینه و مقدمات بود که در بند 11 پیام نوروزی 1/1/59 رهبری انقلاب، به ضرورت ایجاد «انقلاب اسلامی در دانشگاه‌های سراسر کشور»، «تصفیه اساتید مرتبط با شرق و غرب» و «تبدیل دانشگاه به محیطی سالم برای تدریس علوم عالی اسلامی» تصریح شد. همچنین در روزنامه‎های  17/1/59 سخن ایشان خطاب به دانشجویان درج شد که شما دانشجویان عزیز خودتان درصدد باشید که از غرب‎زدگان بیرون بیایید و گمشده خود را پیدا کنید.» همین‌ها لازم بود تا «انقلاب فرهنگی» در نیمسال دوم 59-58 و به ‌طور مشخص در بهار 59 کلیک بخورد. دانشگاه‌ها تعطیل و ستاد انقلاب فرهنگی تشکیل شود.»
ستاد انقلاب فرهنگی در ‌سال 59 با عضویت هفت نفر تشکیل شد که بعدها تعدادی از اعضا به دلایل مختلف از آن جدا شدند یا دیگر به ستاد نرفتند. در‌ سال 62 و سال‌های بعد تعداد اعضا افزایش یافت و بعد هم به شورای عالی انقلاب فرهنگی تغییر نام داد. عبدالکریم سروش یکی از اعضای هفت نفره اصلی ستاد انقلاب فرهنگی درباره دلیل تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی و انتصاب هفت نفر از سوی امام (ره) در همان زمان طی گفت‌وگویی گفته است: «نقطه انفجار احساس عدم گسترش و بلوغ روح انقلابی دانشگاه بود و آن‌جا بود که دانشجویان به خوبی فهمیدند که دانشگاه‌ها از روح انقلاب عقبند و به هیچ وجه پا به پای انقلاب و روح آن جلو نمی‌روند و به این خاطر آنها فریاد انقلاب‌خواهی و انقلاب فرهنگی برآوردند و امام هم بعد از سخنرانی‌ای که برای دانشجویان داشتند، فرمان آن را صادر کردند.» فرمانی که باعث شد دانشگاه‌ها در ‌سال 62 و با رویه‌ای جدید شروع به
 کار کنند.