دومین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری در ۱۰ مهر ۱۳۶۰ برگزار شد. این انتخابات در شرایطی برگزار شد که ایران درگیر بحران‌های شدید سیاسی و امنیتی همچون جنگ با عراق و ترور مردم و مسئولان نظام بود. در این انتخابات بیش از 22‌میلیون نفر واجد شرایط شرکت در انتخابات بودند که از این تعداد بیش از 14.5‌میلیون نفر (64.24‌درصد ) شرکت کردند. 4  چهره شاخصی که در این رقابت شرکت کردند عبارت بودند از:   سیداکبر پرورش (نماینده مجلس)، عباس شیبانی (پزشک)، حبیب‌الله عسگراولادی مسلمان (نماینده مجلس) و منتخب این دوره محمدعلی رجایی با کسب 90‌درصد آرا دومین رئیس‌جمهوری ایران شد. پس از شهادت  شهید رجایی در 8 شهریور ‌سال 1360 بلافاصله مقدمات برگزاری انتخابات سومین دوره ریاست‌جمهوری فراهم شد.
سومین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری در تاریخ 10/7/1360 برگزار شد. در این انتخابات بیش از 22‌میلیون و چهارصدهزار نفر واجد شرایط بودند که از این تعداد 16‌میلیون و هشتصدهزار نفر (74.26درصد) شرکت کردند. در این دوره 46 نفر داوطلب شدند که پس از بررسی شورای نگهبان صلاحیت 4 نفر تأیید شد؛ این افراد عبارت بودند از اکبر پرورش (نماینده مجلس)، سید رضا زواره‌ای (معاون وزارت کشور)، حسن غفوری‌فرد و حضرت آیت‌الله خامنه‌ای (نماینده شورای انقلاب و معاون وزارت دفاع) که آیت‌الله خامنه‌ای با 95درصد آرا به ریاست‌جمهوری انتخاب شد. حکم تنفیذ حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در تاریخ 17/7/60 توسط امام (ره) صادر شد.