علی مطهری، نایب‌رئیس مجلس شورای اسلامی به مناسبت شروع به کار ابراهیم رئیسی در کسوت رئیس قوه قضائیه، خطاب به ‏او گفت:   «شاهد ورود افراد غیرمسئول در برخی پرونده‌ها هستیم که مورد اختلاف میان دو نهاد اطلاعاتی کشور است. از رئیس ‏جدید قوه قضائیه می‌خواهم جلوی برخی رویه‌های ناصواب را بگیرد. همچنین اخیرا با پدیده عجیبی مواجه شده‌ایم که یک ‏دادستان علیه نمایندگان مجلس به خاطر نطق میان دستور آنها که شامل هیچ توهین و افترایی هم نبوده است صرفاً به خاطر این‌که ‏در موردی منطبق با نظر رسمی حکومت نبوده اعلام جرم کرده است. به نظر اینجانب اساسا ضرورت دادگاه ویژه روحانیت به ‏اوایل انقلاب برمی‌گردد و معلوم نیست امروز دادگاه خاص برای روحانیت که انسان را به یاد حکومت طبقاتی ساسانیان می‌اندازد ‏به صلاح کشور باشد.»‏