با شدت گرفتن مقابله دستگاه قضائی با مفاسد اقتصادی، رسیدگی به پرونده موسوم به فساد در پتروشیمی در دستور کار قرار گرفت. چند جلسه از محاکمه متهمان این پرونده تاکنون برگزار شده و در این میان یک نام بیشتر از سایرین خبرساز شده: «مرجان شیخ‌الاسلامی آل‌آقا.» البته متهم ردیف اول این پرونده (که ۱۴ متهم دارد)، رضا حمزه‌لو است و شیخ‌الاسلامی طبق آن‌چه در دادگاه مطرح شده، در ردیف ششم متهمان قرار دارد. عباس جعفری دولت‌آبادی دادستان تهران گفته: «در پرونده بازرگانی پتروشیمی اختلاسی در کار نیست. جرمی که ارتکاب یافته این است که متهمان، استفاده‌های شخصی کرده‌اند و مجموع پول‌هایی که برداشته‌اند ۲۲میلیون یورو و ۱۵میلیون دلار و مبلغ ریالی آن حدود ۶۵میلیارد تومان است.» از طرف دیگر اسدالله مسعودی‌مقام، قاضی پرونده پتروشیمی، اتهامات شیخ‌الاسلامی را طبق کیفرخواست صادره، «مشارکت در اخلال در نظام اقتصادی» و «تحصیل مال نامشروع» عنوان کرده و مبلغ برداشت‌شده را ۱۶میلیون و ۶۵۳هزار دلار اعلام کرده است. حالا بعد از گذشت حدود دو هفته مرجان شیخ‌الاسلامی با انتشار بیانیه‌ای که متن آن را در اختیار ایسنا قرار داده، نوشته: «از زمانی که در خارج از کشور با خانواده‌ام مستقر هستم، هرگز نه فعالیت سیاسی داشته‌ام، نه یک خط یادداشت نوشته‌ام و نه مصاحبه‌ای کرده‌ام.» او در ادامه آورده: «اعلام می‌کنم به هیچ دسته و گروهی اعم از اپوزیسیون، اصولگرا، اصلاح‌طلب، سلطنت‌طلب، برانداز یا غیره تعلق ندارم.» هرچند در این متن اشاره‌ای به یکی از مهمترین مسائل مطرح‌شده از سوی افکار عمومی یعنی نامزدی در انتخابات در دو جناح اصولگرا و اصلاح‌طلب نکرده و این موضوع را مسکوت گذاشته است. او در ادامه آورده: «اتهامی که در ردیف ششم پرونده پتروشیمی به‌عنوان مدیرعامل این دو شرکت به من وارد شده مبنایی ندارد. فعالیت این شرکت‌ها کاملا قانونی بوده و ربطی به مقوله پولشویی و کسب درآمد از قِبل تحریم‌ها ندارد. جو شانتاژ و دروغ‌پراکنی رسانه‌های فارسی‌زبان در این مقوله را درک نمی‌کنم و از دادن القاب و دروغ‌های رسانه‌ای و استفاده از تصاویر خانوادگی و شخصی من بدون اجازه و اختیار اینجانب بسیار متأسفم.» این جملات شیخ‌الاسلامی احتمالا اشاره دارد به قرار دادن دو تصویر او در کنار همدیگر که یکی با حجاب متعارف و دیگری بدون حجاب در خارج از کشور، بعد از مهاجرت بوده است؛ تصاویری که کاربران اجتماعی را به واکنش علیه چنین رفتارهای غیرصادقانه‌ای واداشته بود. او در ادامه مطلب خود تقریبا تمامی اتهامات وارده را رد کرده است و در بخشی دیگر با اشاره به استفاده از تیترهای برخی رسانه‌ها مبنی بر «اختلاس‌گر 6میلیاردی» نوشته «قطعا پیگیری قضائی خواهم کرد.» هرچند مشخص نیست از چه طریقی قرار است علیه موارد اتهامی اقامه دعوی کند.