وقتی از دادگاه‌های «تفتیش عقاید» صحبت به میان می‌آید بی‌اختیار یاد اشخاص معروفی چون گالیلئو گالیله، جوردانو برونو، ژاندارک و.... می‌افتیم. هرچند از هزاران انسان بی‌نام و نشانی که قربانی این دادگاه‌ها شدند احتمالاً تا ابد کسی چیزی نخواهید شنید! دادگاه‌های تفتیش عقاید یا انکیزاسیون Inquisition را شاید بتوان یکی از سیاه‌ترین بخش‌های تاریخ اروپا قلمداد کرد. در این دادگاه‌ها متهمان از سوی متخصصان مورد تأیید کلیسای روم مورد پرسش قرار گرفته و در صورت کشف کوچکترین لغزش در مسائل اعتقادی به شدیدترین وجه ممکن تنبیه می‌شدند. در مسائل نه چندان بنیادین، فرد گناهکار با توسل به توبه می‌توانست جان خود را نجات داده و از مرگی دردناک که معمولاً به شکل سوزاندن در آتش یا مُثله‌شدن بود بگریزد. اما وجود اتهامات بزرگی چون ارتداد یا جادوگری، دیگر هیچ مفری برای متهم باقی نمی‌گذاشت و مرگی محتوم و دردناک سرانجام او را رقم می‌زد.
بدعت‌گذاران در برابر کلیسا و پاپ
نقطه آغاز تشکیل دادگاه‌های تفتیش عقاید به قرن 12 میلادی در اروپا برمی‌گردد. قرنی که قرائت‌های جدید از مسیحیت درحال رشد بود و کشیش‌های کاتولیک حتی به پشتوانه بخشنامه‌های واتیکان قادر نبودند مردم را از گرویدن به فرقه‌های جدید بازدارند. نتیجه چند زد و خورد خونین بین مبلغان کاتولیک و نوکیشانی که به فرقه‌های جدید پیوسته بودند این شد که پاپ اینوکنتیوس سوم دستور استخدام مفتشان دینی برای شناسایی بدعت‌گذاران و مبلغان فرقه‌های جدید را صادر کند. تبعید طرفداران قرائت‌های جدید از مسیحیت و تصرف اموال آنها ازجمله نخستین حکم‌هایی بود که از سوی دادگاه‌های تفتیش عقاید صادر شد، اما در ادامه کلیسای روم فهمید عقاید کسانی که از دید کلیسا کافر به شمار می‌آیند، محکم‌تر از آن است که با حکم تبعید و ضبط اموال متزلزل شود. پس در دوران پاپ گریگوریوس نهم، مقرر شد دامنه اختیارات روسای دادگاه‌های انکیزاسیون برای صدور حکم‌های خشن‌تر همچون سوزاندن - به‌عنوان استعاره‌ای از تطهیر توسط آتش - افزایش پیدا کند.
تعطیل شدن انکیزاسیون توسط ناپلئون
185سال پیش در چنین روزی، برابر 15 جولای 1834 میلادی، آخرین دادگاه‌های تفتیش عقاید اروپا که در اسپانیا برقرار بود پس از 400سال برای همیشه تعطیل شد. روند تعطیلی دادگاه اسپانیایی تفتیش عقاید درواقع 26سال پیش از این تاریخ یعنی در 1808 میلادی و در پی حمله ناپلئون به اسپانیا آغاز شده بود. امپراتور فرانسه در این سال دستور تعطیلی دادگاه‌های فوق را صادر کرد و کمتر از سه دهه بعد دیگر اثری از آنها در اسپانیا و اروپا باقی نماند. دادگاه‌های انکیزاسیون ابتدا برای مقابله با انحراف در مسیحیت پدید آمد اما در ادامه به حربه‌ای برای سرکوب همه حتی کاتولیک‌های معتقد اما مخالف برخی عقاید کلیسا تبدیل شد. این دادگاه‌ها دامنه اختیارات خود را تا بدان‌جا گسترش دادند که دیگر انتشار فرضیات علمی را نیز برنمی‌تافتند. نتیجه این‌که جوردانو برونو یعنی کشیشی از جمع خودشان را تنها به خاطر رد نظریه «زمین مرکزی» سوزاندند و گالیله را با یک درجه تخفیف به توبه واداشتند.