موزه آستان قدس رضوی با 17هزار نسخه خطی، عنوان بزرگ‌ترین گنجینه نسخه‌های خطی جهان را یدک می‌کشد. موزه مرکزی، موزه فرش، موزه قرآن و نفایس و موزه مردم‌شناسی مجموعه موزه‌های آستان قدس رضوی را در جوار حرم رضوی تشکیل داده‌اند. قرآن نفیسی که خط‌نوشته آن منسوب به امام علی(ع) است، یکی از مهم‌ترین آثار گنجینه آستان قدس رضوی در مشهد به شمار می‌رود. این نسخه از قرآن به خط کوفی، 16 سطری و روی پوست کتابت شده که در دوره شاه عباس صفوی وقف حرم امام رضا(ع) شده و وقف‌نامه آن توسط شیخ بهایی در پشت برگ اول نسخه نوشته شده است.
در گنجینه آستان قدس رضوی بیش از 100 جلد قرآن از قرن اول تا سوم هجری قمری وجود دارد و پنج نسخه از این کتاب‌ها، منسوب به دستخط هشت تن از ائمه(ع) هستند.